民國五十五年奉教育部核准立案。民國八十五年七月因辦學績效卓越，獲准升格改制為「嘉南藥理學院」，民國八十九年八月又因各項條件俱優，復獲准改名「嘉南藥理科技大學」。

      四十年來秉持校訓「真實」之辦學理念，持續推動教學革新、提昇研究水準、擴充校園建築與軟硬體設備，發展成為俱醫藥衛生保健管理特色之科技大學，提供社會及業界優秀之專業人才。

      本校現有專任教師約484位，均具博碩士學位，至民國96年6月1日止，教授47位，助理教授以上達68﹪（328位），擁有博士學位及進修博士學位者68％（331位），教學研究認真，實務經驗豐富。

      目前本校學制設有研究所、四年制及二年制技術學系，分別設置藥理、民生、社會科學暨管理、環境等四大學院，計有二十六個系所及中等學校教師與幼稚園教師二個教育學程，學生人數超過一萬八千人。九十六學 年度將增設產業安全衛生與防災研究所及溫泉產業研究所。

      本校重視專業領域之訓練，培養理論與實務並重之高級科技人才；同時，強化學生具有外語能力、人文藝術素養及群體關懷之全人教育，孕育活潑的國際觀與人生觀。本校也積極與產官學界合作交流，並提供學生優質的實習機會與環境。